不同对等位基因间的相互作用。主要有以下几种情况。(1)基因相互蜃饔貌滦宰矗喝缂谟型愣剐停≒Prr)、玫瑰型(ppRR)、胡桃型(PpRr)和单片型(pprr)。让纯种豌豆型与纯种玫瑰型杂交,F1既不是豌豆型,也不是玫瑰型,而是胡桃型；让F1个体相互交配,F1为9/16胡桃冠(P-R-)、3/16豌豆冠(P-rr)、3/16玫瑰冠(ppR-)和1/16单片冠(pprr)。这里胡桃冠是显性基因P和R相互作用产生的新性状；单片冠是隐性基因pp和rr相互作用产生的新性状。(2)互补作用：聋人相互结婚,子女有全聋的,也有全不聋的。有人推测这是因为听力由一对以上基因控制,设一类聋人的基因型为aaBB,由隐性基因aa引起耳聋；另一类聋人可能是另一对基因不正常,如AAbb。相同基因型的聋人结婚,后代的基因型没有变化,仍然是耳聋的；但若上述两类不同基因型的聋人结婚,F1的基因型为AaBb,这样的人就是不聋的。带有AaBb基因型的人相互结婚,F1有9/16不聋(A-B-),7/16耳聋(3/16A-bb,3/16aaB-,1/16aabb),不聋的个体就是因为显性基因A、B相互补充的缘故。(3)上位作用：即一对基因对另一A、B对基因的表现有掩盖作用。例如影响西葫芦的显性白皮基因(W)对显性黄皮基因(Y)有上位作用。当W基因存在时能掩盖Y的作用,使西葫芦表现为白色；缺少W时,y表现其黄色作用；如果W和Y都不存在,则y基因得到表现,西葫芦为绿色。P白皮WWYY×绿皮wwyy
与显性作用发生在同一对等位基因的两个成员之间不同,上位作用发生于两对不同等位基因之间。(4)抑制作用：例如玉米胚乳蛋白质层的杂交试验显出,白色×白色,F1为白色,F2表现为13白色：3有色。后来知道,蛋白质层的颜色是由色泽基因C和抑制基因I共同决定的,即：
基因I抑制了基因C,故表现为白色；同样ccI-也是白色；ccii由于cc不能表现颜色,所以也是白色；只有C-ii才表现出有色。抑制作用与上位作用不同,抑制基因本身不能决定性状,而显性上位基因除掩盖别的基因表现外,本身还能决定性状。
