在天然核酸中,除主要碱基外,还含有微量碱基衍生物。特别在tRNA中,含量较多。多数是主要碱基被甲基化的物质或其衍生物(甲基化核苷),但在tRNA中除此之外,还发现有脱氨基衍生物(次黄苷、1-甲基次黄苷等)、含硫衍生物(4-硫尿苷、2-硫胞苷等)和具有异戊烯基(isopentenyl)的衍生物[6-(△2-异戊烯基)腺苷,2-甲基-6-(△2-异戊基)腺苷等和5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶苷)] 、二氢尿苷等多种微量碱基。这些微量碱基的作用还不十分清楚,但认为与核酸的结构和功能有着重要的关系。例如已知细菌感染上噬菌体时,由细菌固有的限制酶的作用被分解的现象,但其作用部位的碱基发生特异的甲基化时,则不受分解而进行繁殖。另外也已知很多tRNA的反密码子和反密码子相邻的3′-侧的微量碱基的存在与识别密码子有关。多数微量碱基在形成核酸的一级结构以后,可通过酶的修饰作用而生成。
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