美研究人员测序灭绝的穴居熊DNA

生物通报道：最近,美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)的研究人员以及将一种灭绝的更新世(地质时期)穴居熊的基因组DNA测序结果载入了科学文献中——这种情况通常只存在于科幻小说中。研究的结果公布在6月2日的《科学》杂志的上。这项研究为测定其他已经的灭绝物种的DNA序列开辟了道路。到目前为止,研究人员一直试图测序灭绝种类的基因组。DOE JGI的研究人员克服了从古老样品复原DNA的许多困难。DNA在生物死亡时开始降解,而微生物能够攻击腐烂中的尸体并将利用其中的营养成分。令人头疼的是确定这些史前古遗物的序列和特征的工作受到大量的微生物污染以及考古人员和实验室工作人员无意间的DNA指纹的干扰。先前对古老DNA的研究只是局限在线粒体DNA测序上。虽然线粒体对了解物种间的进化关系很重要,但是要了解灭绝的和现代种类的功能差异就必须进行基因组DNA的研究。研究人员采用了现代基因组计划的标准技术(即一种强力的高通量测序方法)来测序古老的DNA样品。利用这种策略,研究人员无需担心所测序的大部分是微生物污染物。他们利用一种非常强大的“磁体”从堆积如山的不同的DNA数据中挑出感兴趣的数据。研究结果表明约6%序列来自出土的穴居熊基因组,剩下的都是微生物污染物。在这个部分中,有多种基因组序列类型,其中包括21个基因的片段。这些基因是通过将穴居熊样品与完整的狗序列进行比较确定出来的。已经知道狗和熊大约在5000万年前分化开,而且它们基因组序列的相似程度达92%。研究使用的穴居熊骨骼和牙齿来源于奥地利的两个山洞遗址(记者杨淑娟)。